Филипп Андреевич родился в крестьянской семье Молявиных в 1869 году селе Казанка Самарской губернии.
Подростком Филип попал на Афон, быстро освоил азы и тайны иконописи. Был призван на военную службу. Однако, послужить призывнику Малявину не удалось. Набожный чиновник, руководивший призывом, узнав о его таланте живописца, выдал рекруту «белый билет» и за казенный счет отправил обратно на Святую гору в греческий монастырь. Позже его заприметил известный скульптор Владимир Беклемишев, который в 1891 году посетил Афон. Пораженный живописью Малявина, он пообещал оказать содействие при поступлении Филиппа в Петербургскую Академию Художеств, если тот согласится поехать с ним в столицу.
Таким образом, в 1892 году Малявин становится вольнослушателем отделения живописи Академии художеств. Сам Илья Репин, в будущем покровительствующий юному таланту, был среди его учителей. Заканчивал Академию художеств Малявин уже известным мастером живописи. Однако, написанная художником для защиты диплома конкурсная работа "Смех" (1899), привела профессоров Академии в недоумение, одни восторгались, другие - отвергали, при этом жарко споря. В итоге было решено дать выпускнику Малявину звание художника за цикл портретов, написанных ранее. Через год, в 1900 году, художник за работу "Смех" был награжден золотой медалью на Всемирной выставке в Париже. Став членом «Союза русских художников», Малявин с подачи Ильи Репина успешно участвовал в выставках Товарищества передвижников. Вскоре художник покинул аристократический Петербург и поселился вместе с семьей в собственной усадьбе под Рязанью.
Послереволюционный 1920 год художник переехал в Москву, и сразу же был делегирован "Союзом русских художников" в Кремль для зарисовок с натуры самого вождя революции и его соратников. С Лениным Малявина познакомил Луначарский, и Ильич позволял художнику беспрепятственно посещать не только Кремль, но и бывать у себя на квартире. Однако как-то не сложилось у Филиппа Малявина с советской властью. Командированный от нового государства в 1922 году для устройства персональной выставки за границу, он в Россию больше не вернулся. Художник навсегда обосновался во Франции. Из шумного Парижа вскоре Филипп Андреевич переселился в Ниццу. А в 1940-м случилось непредвиденное. Оказавшись на оккупированной Германией территории Бельгии, Малявин был арестован фашистами по подозрению в шпионаже. А отпущен Филипп Андреевич был, благодаря счастливой случайности, поскольку отделением гестаповцев, арестовавшим художника, руководил офицер, который умел рисовать и разбирался в искусстве.
Из Брюсселя в Ниццу 70-летний художник добирался пешком, прошагав пол-Европы. Он вернулся измученным, истощенным, больным. Дома Малявин тут же слег, его доставили в больницу, откуда он уже не вернулся... В декабре 1940 года Филиппа Андреевича Малявина не стало.